寺伝によれば奈良時代、天平年間（729年 – 749年）に聖武天皇の勅願により、行基によって開創された。
弘仁6年（815年）に空海（弘法大師）がここを訪れ、21日間（三七日）留まって修行したという。その際、天竺（インド）の霊鷲山で釈迦が仏法を説いている姿に似た様子を感得し天竺の霊山である霊鷲山を日本、すなわち和の国に移すとの意味から竺和山霊山寺と名付け、持仏の釈迦如来を納め霊場開創祈願をしたという。その白鳳時代の身丈三寸の釈迦誕生仏が残っている。また、本堂の奥殿に鎮座する秘仏の釈迦如来は空海作の伝承を有し、左手に玉を持った坐像であり、2014年（平成26年）に4か月間開帳された。
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寺伝によれば、神亀3年（726年）に聖武天皇の勅願により行基が創建したという。弘仁6年（815年）には平城上皇の勅命によって空海（弘法大師）が厄除けのため薬師如来像を刻み、伽藍を建立。
文治4年（1188年）火災により堂塔を焼失した。この時に本尊は奥之院の玉厨子山に自ら飛んで焼失を逃れたという伝説がある。その後、後醍醐天皇により堂塔が再建された。本尊が新たに彫られたが、元の本尊もこの時に飛んで帰り後ろ向きに厨子に入り自ら厨子を閉じたとされ「後向き薬師」と称される。元の本尊は以後秘仏となった。このため本尊が二体ある。
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太竜寺山弥山（標高600.1 m）の山頂近くに位置し、本堂は標高505 m付近で八十八箇所で6番目の高さにあり、大師堂は、御廟の橋、拝殿、御廟が並び高野山奥の院と同じ配列になっていて、その大伽藍は西の高野と称され、阿南室戸歴史文化道の指定、とくしま88景の選定を受けている。阿波では「一に焼山、二にお鶴、三に太龍」と称され、へんろころがしと呼ばれる難所の一つである。
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空海（弘法大師）が訪れた際、小さい本尊は失われる恐れがあるとして、一刀三礼して等身大の地蔵菩薩を刻み、本尊を胎内に収めたといい、このときに寺名が立江寺と改められたと伝えられている。当時は現在地から400mほど西の奥谷山清水寺のある場所であったという。天正年間（1573年 – 1593年）に長宗我部元親の兵火により全焼したが、幸い本尊は難を逃れた。その後徳島藩藩祖蜂須賀家政によって現在の地で復興された。1974年（昭和49年）に火災が発生、本堂が焼けたが本尊は無事で1977年（昭和52年）に再建された。
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